2006年08月08日 文責:浅岡 浩子


分子カタログ

もくじ:


分子カタログとは

分子カタログは、分子構造のサムネイル(縮小画像)を一覧で表示します。
サムネイルから分子ビューアを開くこともできます。


分子カタログを開く

空の分子カタログを開くには、 ケモじゅんランチャー の 「Tools」->「Molecular Catalogue」メニューを選択します。
分子カタログで「File」->「Select Directory」メニューを選択して、分子ファイルが格納されている好きなフォルダを選んでください。

Launcher_Tools_Molecular-Catalogue_jpg.jpg Molecular-Catalogue_New_jpg.jpg File_Select-Directory_01_jpg.jpg File_Select-Directory_02_jpg.jpg File_Select-Directory_03_jpg.jpg File_Select-Directory_04_jpg.jpg

サンプルデータフォルダ内にある分子ファイルを一覧する場合には、 ケモじゅんランチャー の 「Tools」->「Molecular Catalogue - Select Data」メニューが便利です。
特定のフォルダ内にあるディレクトリのリストが出てくるので、その中から選んでください。

Launcher_Tools_Molecular-Catalogue---Select-Data_01_jpg.jpg Launcher_Tools_Molecular-Catalogue---Select-Data_02_jpg.jpg Launcher_Tools_Molecular-Catalogue---Select-Data_Shift_01_2_jpg.jpg Molecular-Catalogue_Data_jpg.jpg


画面

画面説明

分子カタログの画面は以下のようになっています。

A B 3 1 2 nohref

MolecularCatalogue.jpg


操作

マウスやキーで、様々な操作が出来ます。

選択

クリックすると、選択状態になります。
選択を解除する場合は、選択されているものを再度クリックするか、分子のサムネイルが表示されていない領域でクリックします。

Selection_single_jpg.jpg

[Shift]キーを押しながらクリックすると、複数選択ができます。
[Shift]キーを押しながら、選択されているものを再度クリックすると、それだけ選択を解除します。

Selection_multi_jpg.jpg

領域選択

四角形で領域を指定して、複数選択することができます。

サムネイルが表示されていないところで、マウスを長押しした後でドラッグしてください。
黒い線で領域が描かれます。
マウスをはなすと、選択状態になります。
少しでも領域に入ったものが選択されます。

Selection_Area_01_jpg.jpg Selection_Area_02_jpg.jpg

スクロール

矢印キーで、スクロール操作ができます。

選択しているサムネイルが1つの場合、選択対象が移動し、スクロールも行います。
その他の場合は、選択状態は変化せず、スクロールのみを行います。

移動

場所を移動することが出来ます。
サムネイルの上でマウスを長押しします。
マウスカーソルが握った手の形(handCursor5.jpg)になり、 移動対象のものが青い枠で表示されます。

Drag_01_single_jpg.jpg

同じウィンドウの中で、移動したい場所へドロップします。

Drag_11_jpg.jpg

ドロップした場所に移動します。
元にあった場所には空きが作られないように詰められます。

Drag_12_normal_jpg.jpg

[Shift]キーを押しながらドロップすると、元にあった場所には空きが作られます。

Drag_12_Shift_jpg.jpg

新しい分子カタログのウィンドウにドロップすることもできます。
この場合、移動ではなくコピーになりますので、元のウィンドウの状態はそのままです。

Drag_13_jpg.jpg

複数選択でも上記の操作が可能です。
対象のものをすべて移動もしくはコピーします。

Drag_01_multi_jpg.jpg

分子ビューア

サムネイルをダブルクリックすると、分子ビューアを開きます。

DoubleClick_01_jpg.jpg DoubleClick_02_jpg.jpg

開かれた分子ビューアには、カメラボタンがついています。
分子ビューアで設定や方向を変更した後にカメラボタンを押すと、一覧のサムネイルが更新されます。

CameraButtonAction_01_jpg.jpg CameraButtonAction_02_jpg.jpg


メニュー

ウィンドウの上部にあるメニューです。

File ->
Edit ->
View ->
Misc ->
ファイル ->
編集 ->
表示 ->
その他 ->

File
ファイル

New

Select Directory
Open Catalogue File
Open SD File

Save Catalogue File
Save as Catalogue File
Save as SD File

Save as Image
Save as HTML

Quit
新規

ディレクトリ選択
カタログファイルを開く
SDファイルを開く

カタログファイルを保存
カタログファイルを別に保存
SDファイルとして保存

画像として保存
HTMLとして保存

終了

New
新規

新しい空の分子カタログが開きます。

File_New_01_jpg.jpg File_New_02_jpg.jpg

Select Directory
ディレクトリ選択

ディレクトリを指定して、その中に格納されている分子ファイルのサムネイルを一覧に表示します。

ディレクトリを指定するダイアログが現れます。
ディレクトリを選択して「Accept」ボタンを押します。
指定したディレクトリの直下に格納されている分子ファイルを読み込んで、一覧に表示します。
サブフォルダ内にある分子ファイルは対象になりません。

File_Select-Directory_01_jpg.jpg File_Select-Directory_02_jpg.jpg File_Select-Directory_03_jpg.jpg File_Select-Directory_04_jpg.jpg

すでに一覧されているウィンドウでメニューを実行すると、サムネイルは追加されます。

File_Select-Directory_11_jpg.jpg File_Select-Directory_12_jpg.jpg File_Select-Directory_13_jpg.jpg File_Select-Directory_14_jpg.jpg

Open Catalogue File
カタログファイルを開く

分子カタログファイルを指定して、サムネイルを一覧に表示します。

分子カタログファイル(*.catalogue)は、このツール専用のファイルフォーマットです。
一覧で表示されている分子ファイル(*.mol)のパスや、サムネイルを表示する際の設定などの情報が書かれています。
このファイルを作成するには、「Save Catalogue File」もしくは「 Save as Catalogue File」を参照してください。
カタログファイルを保存した時点での分子ファイルへのパスが記述されています。
元の分子ファイル(*.mol)の場所を変更した場合、保存したときの状態では開かなくなってしまいますので注意してください。

分子カタログファイル(*.catalogue)を指定するダイアログが現れます。
ファイルを選択して「Accept」ボタンを押します。

File_Open-Catalogue-File_01_jpg.jpg File_Open-Catalogue-File_02_jpg.jpg File_Open-File_03_jpg.jpg File_Open-Catalogue-File_04_jpg.jpg

すでに一覧されているウィンドウでメニューを実行すると、前に一覧されているサムネイルは削除されます。

Open SD File
SDファイルを開く

SDファイルを指定して、それぞれの分子を一覧に表示します。

SDファイル(*.sd)を指定するダイアログが現れます。
ファイルを選択して「Accept」ボタンを押します。

File_Open-SD-File_01_jpg.jpg File_Open-SD-File_02_jpg.jpg File_Open-File_03_jpg.jpg File_Open-SD-File_04_jpg.jpg

カタログファイル(*.catalogue)を開くと、スティック表示やスペースフィル表示などの設定情報が再現されますが、 SDファイル(*.sd)では、デフォルトの設定で一覧表示されます。

SDファイルを開くと、SDファイルのあるディレクトリに、SDファイルを分割した分子ファイル(*.mol)を自動的に作成します。

File_Open-SD-File_11.jpg

分子カタログでは、この時に作成される *.mol ファイルを参照してサムネイルを作成したり、分子ビューアを開きます。
分子カタログを利用した後、同じように分子カタログを利用したり、これらのファイルを再度利用する必要がない場合には、削除してください。

すでに一覧されているウィンドウでメニューを実行すると、前に一覧されているサムネイルは削除されます。

Save Catalogue File
カタログファイルを保存

分子カタログの状態を保存します。
現在開いている化学カタログファイル(*.catalogue)に上書き保存します。

化学カタログのウィンドウラベルにファイル名が表示されていない場合は、化学カタログファイル名が決定されていません。
この場合は、このメニューを選んでも、 下記の「Save as Catalogue File」と同様の処理になります。

Save as Catalogue File
カタログファイルを別に保存

分子カタログの状態を、ファイル名を指定して保存します。
各々の視点方向や表示設定などの情報も保存されます。
初期状態ではない一覧方法を覚えておく場合に分子カタログファイルを保存しておくと良いでしょう。

分子カタログファイル(*.catalogue)を入力するダイアログが現れます。
ファイル名を入力して「Accept」ボタンを押します。
デフォルトのファイル名は、[年月日時分秒].catalogueです。
保存すると、ファイル名がウィンドウラベルに表示されます。

File_Save-as-Catalogue-File_01_jpg.jpg File_Save-as-Catalogue-File_02_jpg.jpg File_Open-Catalogue-File_04_jpg.jpg

すでに存在するファイル名に保存しようとすると、ダイアログで警告が出ます。
上書きしないようにする場合は、一度保存を中断して、 違うディレクトリを指定しなおすか、ファイル名を変更してください。

File_Save-as-Catalogue-File_11_jpg.jpg

保存される分子カタログファイルのサンプル

Save as SD File
SDファイルとして保存

分子カタログに一覧されている分子を、SDファイル(MDLmolファイルのマルチファイル形式)で保存します。

SDファイル(*.sd)を入力するダイアログが現れます。
ファイル名を入力して「Accept」ボタンを押します。
デフォルトのファイル名は、[年月日時分秒].sdです。

File_Save-as-SD-File_01_jpg.jpg File_Save-as-SD-File_02_jpg.jpg

保存される SDファイルのサンプル

Save as Image
画像として保存

一覧に表示されている状態の画像ファイルを作成します。

画像ファイル(*.jpg)を入力するダイアログが現れます。
ファイル名を入力して「Accept」ボタンを押します。
デフォルトのファイル名は、[年月日時分秒].jpgです。

File_Save-as-Image_01_jpg.jpg File_Save-as-Image_02_jpg.jpg

作成した場所を忘れないようにしましょう。

yyyymmddhhmmss_sample_jpg.jpg
保存される画像のサンプル

[Shift] キーもしくは [Alt] キーを押しながらメニューを選択すると、グレースケールの画像を作成します。

yyyymmddhhmmss_gray_jpg.jpg
保存されるグレースケールの画像のサンプル

Save as HTML
HTMLとして保存

一覧に表示されている状態のHTMLファイルを作成します。

ディレクトリを入力するダイアログが現れます。
保存するディレクトリ名を入力して「Accept」ボタンを押します。
デフォルトのディレクトリ名は、[年月日時分秒]です。

File_Save-as-HTML_01_jpg.jpg File_Save-as-HTML_02_jpg.jpg File_Save-as-HTML_03_jpg.jpg

作成後は、自動的にウェブブラウザで表示されます。

保存されるHTMLのサンプル

Quit
終了

ウィンドウを閉じます。


Edit
編集

Open Molecular Viewer
Remove

Select All
分子ビューアを開く
削除

すべてを選択

Open Molecular Viewer
分子ビューアを開く

一覧で選択しているサムネイルの分子を、分子ビューアで開きます。

Edit_Open-Molecular-Viewer_01_jpg.jpg Edit_Open-Molecular-Viewer_02_jpg.jpg

Remove
削除

一覧で選択しているサムネイルを削除します。

Edit_Remove_01_jpg.jpg Edit_Remove_02_jpg.jpg Edit_Remove_03_jpg.jpg

Select All
すべてを選択

一覧のサムネイルをすべて選択します。

Edit_Select-All_01_jpg.jpg Edit_Select-All_02_jpg.jpg


View
表示

Indexes
File Name

Column Size
Condense
番号表示
ファイル名表示

列数
詰める

Indexes
番号表示

サムネイルの左上に番号を表示します。

チェックON チェックOFF
View_Indexes_01_jpg.jpg View_Column-Size_03_jpg.jpg
表示 非表示

File Name
ファイル名表示

サムネイルの右下にファイル名を表示します。

チェックON チェックOFF
View_Column-Size_03_jpg.jpg View_File-Name_01_jpg.jpg
表示 非表示

Column Size
列数

横並びに、いくつサムネイルを並べるかを指定します。

View_Column-Size_01_jpg.jpg View_Column-Size_02_jpg.jpg View_Column-Size_03_jpg.jpg

Condense
詰める

途中に空き領域がある場合、詰めて並べなおします。

View_Condense_01_jpg.jpg View_File-Name_01_jpg.jpg


Misc
その他

Manual

Inspect
使用手引き

検査

Manual
使用手引き

基本説明、メニュー等の説明が記述してある取扱説明書 (このページ)をブラウザで開きます。

Inspect
検査

このメニューは、ランタイム版では選択することができません。
開発時にプログラムの状態などを確認するためのメニューです。
選択可能な場合は、インスペクターが開きます。


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