2006年08月08日 文責:浅岡 浩子


分子ビューア

もくじ:


分子ビューアとは

分子ビューアは、分子の構造を2Dや3Dで表示します。
原子数・結合数などの詳細情報も表示します。


分子ビューアを開く

空の分子ビューアを開くには、 ケモじゅんランチャー の 「Tools」->「Molecular Viewer」メニューを選択します。
分子ビューアで「File」->「Open」メニューを選択して、分子ファイルを好きなフォルダから選んでください。

Launcher_Tools_Molecular-Viewer_jpg.jpg File_New_02_jpg.jpg File_Open_01_jpg.jpg File_Open_02_jpg.jpg View_Sticks_jpg.jpg

サンプルデータフォルダ内にある分子を表示する場合には、 ケモじゅんランチャー の 「Tools」->「Molecular Viewer - Select Data」メニューが便利です。
特定のフォルダ内にある分子ファイルのリストが出てくるので、その中から選んでください。

Launcher_Tools_Molecular-Viewer---Select-Data_01_jpg.jpg Launcher_Tools_Molecular-Viewer---Select-Data_02_jpg.jpg View_Sticks_jpg.jpg


画面

画面説明

分子ビューアの画面は以下のようになっています。

5 4 A B 3 1 2

MolecularViewer.jpg


メニュー

ウィンドウの上部にあるメニューです。

File ->
View ->
Misc ->
ファイル ->
表示 ->
その他 ->

File
ファイル

New
Open

Save as
Save as Image

Quit
新規
開く

別名で保存
画像として保存

終了

New
新規

新しい空の分子ビューアが開きます。

File_New_01_jpg.jpg File_New_02_jpg.jpg

Open
開く

分子ファイルを指定して、ファイルの内容をビューア内に表示します。

分子ファイル(*.mol)を指定するダイアログが現れます。
ファイルを選択して「Accept」ボタンを押します。

File_Open_01_jpg.jpg File_Open_02_jpg.jpg View_Sticks_jpg.jpg

Save as
別名で保存

ビューア内に開いている分子ファイルを、別名で保存します。

分子ファイル(*.mol)を入力するダイアログが現れます。
ファイル名を入力して「Accept」ボタンを押します。
デフォルトのファイル名は、[元のファイル名]_[年月日時分秒].molです。

File_Save-as_01_jpg.jpg File_Save-as_02_jpg.jpg File_Save-as_03_jpg.jpg

Save as Image
画像として保存

ビューアに表示されている状態の画像ファイルを作成します。

画像ファイル(*.jpg)を入力するダイアログが現れます。
ファイル名を入力して「Accept」ボタンを押します。
デフォルトのファイル名は、[元のファイル名]_[年月日時分秒].jpgです。

View_Serial-Nos-of-Atoms_jpg.jpg -- (Save as Image) --> File_Save-as-Image_jpg.jpg

作成した場所を忘れないようにしましょう。

phe_yyyymmddhhmmss_sample_jpg.jpg
保存される画像のサンプル

[Shift] キーもしくは [Alt] キーを押しながらメニューを選択すると、グレースケールの画像を作成します。

phe_yyyymmddhhmmss_gray_jpg.jpg
保存されるグレースケールの画像のサンプル

Quit
終了

ウィンドウを閉じます。
このウィンドウに関連した、詳細情報やビューポートのウィンドウも同時に閉じます。

File_Quit_jpg.jpg


View
表示

2D
Sticks
Ball & Stick
Space Filling
Stick & Space Filling

Hydrogens
Serial Nos. of Atoms
Setting Serial Nos.

Low Resolution
Medium Resolution
High Resolution

Reset
2D
スティック
ボール&スティック
スペースフィル
スティック&スペースフィル

水素表示
原子のシリアル番号表示
原子のシリアル番号設定

低解像度
中解像度
高解像度

リセット

2D
2D

平面構造で表示します。
ファイル名が *.2D.mol の分子ファイルを開いたときは、このメニューが自動的に選択されます。

View_2D_jpg.jpg

Sticks
スティック

結合を太い軸で表示します。
軸の色は、原子毎に決まっています。
軸の数は、結合タイプを表しています。
最初はこのメニューに設定されています。

View_Sticks_jpg.jpg

Ball & Stick
ボール&スティック

上記のスティックに加え、原子を小さな球で表示します。
原子球の大きさは、 van der Waals 半径 の約8分の1です。
球の色は、原子毎に決まっています。

View_Ball-Stick_jpg.jpg

Space Filling
スペースフィル

原子を van der Waals 半径の球で表示します。
球の色は、原子毎に決まっています。

View_Space-Filling_jpg.jpg

Stick & Space Filling
スティック&スペースフィル

上記のスティックとスペースフィルを同時に表示します。
スペースフィルは透過色で表示します。

View_Stick-Space-Filling_jpg.jpg

Hydrogens
水素表示

水素の表示/非表示の設定をします。
チェックがついている状態で、水素が表示されます。
スペースフィル表示の場合は、このメニューのチェック状態にかかわらず水素を表示します。

チェックON チェックOFF
View_Sticks_jpg.jpg View_Hydrogens_jpg.jpg
表示 非表示

Serial Nos. of Atoms
原子のシリアル番号表示

シリアル番号の表示/非表示の設定をします。
チェックがついている状態で、シリアル番号が表示されます。
スペースフィル表示の場合は、自動的にシリアル番号は非表示の状態になります。

チェックON チェックOFF
View_Serial-Nos-of-Atoms_jpg.jpg View_Ball-Stick_jpg.jpg
表示 非表示

Setting Serial Nos.
原子のシリアル番号設定

どのシリアル番号を表示するかの設定をします。
原子種を選ぶウィンドウが現れますので、チェックボックスで表示/非表示を設定してください。

View_Setting-Serial-Nos_01_jpg.jpg View_Setting-Serial-Nos_02_jpg.jpg

上記の「Serial Nos. of Atoms」メニューで、シリアル番号を表示する状態にしていないと、このメニューを選択できません。

Low Resolution
低解像度

低解像度でビューア内に表示します。
表示は荒くなりますが、描画面数が少なくなるので処理が速くなります。

View_Low-Resolution_jpg.jpg

Medium Resolution
中解像度

中解像度でビューア内に表示します。
最初はこの解像度に設定されています。

View_Medium-Resolution_jpg.jpg

High Resolution
高解像度

高解像度でビューア内に表示します。
表示は詳細になりますが、描画面数が多くなるので処理が遅くなります。
画面をキャプチャする時などに使用すると良いでしょう。

View_High-Resolution_jpg.jpg

Reset
リセット

ビューア内に表示しているものの全体が見られます。

View_Medium-Resolution_jpg.jpg -- (Reset) --> View_Reset_jpg.jpg


Misc
その他

Manual

Information

Viewfinder
Viewport

Inspect
使用手引き

詳細情報

ビューファインダ
ビューポート

検査

Manual
使用手引き

基本説明、メニュー等の説明が記述してある取扱説明書 (このページ)をブラウザで開きます。

Information
詳細情報

右下に詳細情報のウィンドウが開きます。
ファイル名や原子数、結合数などを表示します。

View_Serial-Nos-of-Atoms_jpg.jpg Misc_Information_jpg.jpg

Viewfinder
ビューファインダ

ビューファインダ のウィンドウが開きます。
分子ビューア内に3Dで描かれている物体が、ビューファインダ内に開きます。
しかし、シリアル番号や修飾基などの文字情報は表示されなくなります。
VRMLとして保存する場合などに利用してください。

View_Serial-Nos-of-Atoms_jpg.jpg Misc_Viewfinder_jpg.jpg

Viewport
ビューポート

右隣にビューポートのウィンドウが開きます。
ビューポート内に描かれている黄色い板が、分子ビューアのウィンドウに相当しています。
ビューアでどの方向からどの範囲が表示されているのか分かります。

View_Serial-Nos-of-Atoms_jpg.jpg Misc_Viewport_01_jpg.jpg   -- ビューポート回転 -->   Misc_Viewport_02_jpg.jpg

ビューポートの詳細については、下記のページにまとめられています。
http://www.sra.co.jp/people/h-asaoka/study/TextbookAboutJun/17/ 「視体積」
参照してみてください。

Inspect
検査

このメニューは、ランタイム版では選択することができません。
開発時にプログラムの状態などを確認するためのメニューです。
選択可能な場合は、インスペクターが開きます。


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